Część teoretyczna pracy magisterskiej powinna opierać się na odpowiednio dobranej literaturze przedmiotu. Powinny być wykorzystywane pozycje z zakresu literatur naukowej (a nie popularno – naukowej) oraz pochodzić z ostatnich lat. By odpowiednio dobrać literaturę należy stworzyć wstępną bibliografię. Przydatne mogą być takie metody jak: wykorzystanie bibliografii pozycji już istniejących, wyszukiwanie indeksowe (hasłem przedmiotu) w katalogach bibliotek lub wyszukiwanie artykułów naukowych za pomocą wyszukiwarki Google Scholar. W części teoretycznej należy przedstawić główne teorie związane z omawianym zagadnieniem, porównać je oraz przedstawić własne podejście. Warto także omówić zaobserwowane związki zachodzące pomiędzy czynnikami stanowiącymi przedmiot pracy, jak również ich kontekst i uwarunkowania.

Powyższe rozważania warto przedstawić na przykładzie. Praca magisterska z bezpieczeństwa narodowego o tematyce ,,Terroryzm jako zagrożenie bezpieczeństwa międzynarodowego” może składać się z następujących części teoretycznych:

Rozdział I Bezpieczeństwo międzynarodowe w świetle

Rozdział II Terroryzm jako zagrożenie bezpieczeństwa

W pierwszej części warto przedstawić ogólną definicję bezpieczeństwa, jego istotę oraz podział. Ważny jest podział ze względu na zasięg – lokalne, narodowe i międzynarodowe. W dalszej części należy przedstawić główne definicje bezpieczeństwa międzynarodowego, jakie zostały zawarte w literaturze. Uzupełnienie rozdziału może stanowić omówienie najważniejszych zagrożeń bezpieczeństwa.

W drugim rozdziale należy znaleźć korelacje między wpływem terroryzmu na bezpieczeństwo. Warto omówić wpływ tego zagrożenia na: bezpieczeństwo ludzi, bezpieczeństwo państwa, czy bezpieczeństwo ekonomiczne.